该院始建于1980年牙克石林业中心医院，当时名为“内蒙古大兴安岭林业和建设局精神科疗养院”。 只接收林业建设局系统内的精神病人。

1988年，内蒙古大兴安岭林业管理局投资30万元，将精神病疗养院扩建为拥有50张床位的小型精神病医院。 医院名称变更为“内蒙古大兴安岭林业和建设局职工医院精神科”。

1989年，医院诊疗范围正式对外开放，收治内蒙古大兴安岭林区和呼伦贝尔盟的精神病人牙克石林业中心医院，成为呼伦贝尔盟唯一的精神病医院。

1990年，医院更名为“内蒙古大兴安岭林业和建设局精神病医院”。

1993年，医院更名为“内蒙古大兴安岭林业精神病医院”。

2004年，内蒙古自治区卫生厅批准内蒙古大兴安岭林业精神病医院更名为“呼伦贝尔市精神卫生中心”。 从此，医院正式定名为“呼伦贝尔市精神卫生中心”； 同年，内蒙古大兴安岭森工集团组织委员会成立医院为副厅级单位。

2008年，医院划归呼伦贝尔市管辖。

2009年，呼伦贝尔市机构设置委员会召开会议，同意内蒙古大兴安岭林业精神病医院与呼伦贝尔市精神卫生中心为一个机构、两个牌子。 呼伦贝尔精神卫生中心是市卫生局挂靠的副司级机构。

2012年，医院乔迁新址牙克石市兴安西街。

2019年，呼伦贝尔市机构设置委员会召开会议，同意呼伦贝尔市精神卫生中心名称为呼伦贝尔市第三人民医院（挂有呼伦贝尔市精神卫生中心品牌）。 其职责、任务、人员配置、内部结构、分类类别保持不变。

经过40多年的发展，医院从单纯的治疗转向预防、治疗、康复、回报社会一体化； 从单纯的药物治疗到药物、心理、行为、物理、音乐、中西医结合、康复训练等多种治疗。从专注于患者服务到服务于患者和全社会的心理健康； 从封闭式管理转向开放式管理新格局。

医院占地面积近10万平方米，建筑面积2.6万平方米。 现有专业技术职称人员334人。 本着“强化专科、全面综合服务”的发展定位，医院开设门诊（中心门诊、海拉尔门诊、扎兰屯门诊）、小儿精神科、急性精神科、精神康复科、药物依赖科等。治疗科和老年精神科。 慢性精神科、心身医学科、重症医学科、睡眠医学科、临床心理科、内科、中西医结合科、心身检查科、医学影像科、非手术治疗室、功能检测与治疗科、康复科（职业康复培训中心）等临床及医技科室。

医院目前提供各类精神分裂症、躁狂症、抑郁症、智力低下、器质性精神障碍、酒精性精神障碍、多动症、睡眠障碍、心理减压、负性情绪释放、心理测试、青少年心理等服务。 提供问题管理、心理危机干预、心理健康检查、康复训练等专业心理（心理）服务。 还承担呼伦贝尔市心理健康协会、心理健康协会、心理健康救助热线等社会公益工作。

医院现配备MRI、全身螺旋CT、移动DR、床边彩超诊断系统、全自动生化分析仪、全自动化学发光免疫分析仪、全自动血液分析仪、全自动尿液分析仪、全自动血液分析仪等常规设备如药物浓度检测仪和高效液相色谱仪、近红外功能脑成像系统、脑功能分析仪（脑ET）、睡眠分析仪、心理CT系统、精神压力分析仪、脑诱发电位仪、眼动仪等专业诊断设备检测仪、超声波骨密度分析仪、智能音乐放松系统、认知障碍矫正系统、经颅磁刺激器、多媒体脑生物反馈治疗设备、智能宣泄放松系统等专业治疗设备，以及百余台康复单位仪器。

医院先后荣获全国人民信赖示范医院、全国人民信赖百强示范医院、全国医疗卫生系统创新创优先进集体、中国医师协会优秀精神科医师星火奖、中国医师协会优秀精神科医师星火奖等荣誉。 “人文关爱医院”、中国医院质量管理（医疗）优秀奖、全区医疗卫生系统创新创优活动先进集体、全区严重精神障碍诊治工作先进集体文明单位、自治区人民口碑金奖单位、自治区卫生单位、自治区医师协会优秀会员单位、内蒙古自治区健康促进医院、内蒙古自治区文明单位标兵、呼伦贝尔市文明单位标兵、呼伦贝尔市残疾人“十一五”助残先进集体、呼伦贝尔市卫生系统“三好一满意”活动先进集体、呼伦贝尔市社会治安综合管理和安全建设先进单位、呼伦贝尔市先进单位维护妇女儿童等权益集体

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